Für die Gruppe der Fledermäuse liegen lediglich für einzelne Wald-Fördergebiete Erhebungen vor. Diese zeigen die Bedeutung der Baaralb-Wälder mit ihren kaum genutzten Buchen- und Schluchtwäldern im Bereich Wutachflühen-Blumberger Pforte.
Dort konnten mit der Mopsfledermaus (Barbastella barbastellus) und der Bechsteinfledermaus (Myotis bechsteinii) zwei stark gefährdete Arten nachgewiesen werden, für deren Erhaltung Deutschland eine hohe Verantwortlichkeit trägt.
Diese Bestände werden unter anderem ergänzt durch Vorkommen von Großem Mausohr (Myotis myotis), Braunem Langohr (Plecotus auritus) und Kleiner Bartfledermaus (Myotis mystacinus), drei Arten der bundesdeutschen Vorwarnliste.
Als besonders günstig für die Fledermausfauna kann die Kombination aus zahlreichen Höhlen und Felsspalten in der Wutachschlucht als Winterquartiere mit guten Sommerlebensräumen in der bäuerlichen Kulturlandschaft der Umgebung gelten. Auch in den übrigen Wald-Fördergebieten (ganz besonders im Unterhölzer Wald) ist mit einer artenreichen Fledermausfauna zu rechnen, die von den Maßnahmen des Naturschutzgroßprojekts profitieren kann. Entsprechende Erhebungen sind im Rahmen des Pflege- und Entwicklungsplanes vorgesehen.
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