Im Laufe der Zeit sind allerdings weite Bereiche des Zollhausrieds mit Gehölzen zugewachsen. Um die wertvollen offenen Moorbereiche wiederherzustellen, wurden in den letzten Jahren bereits umfangreiche Pflegemaßnahmen im Auftrag des für die Pflege von Naturschutzgebieten zuständigen Regierungspräsidiums Freiburg durchgeführt.

Im Zollhausried, als Teil des NGP Baar, werden nun im Herbst und Winter, voraussichtlich ab Anfang November, im südlichen Teil des Gebiets weitere Gehölz- und Mulchmaßnahmen durchgeführt. Die durch Bundes- und Landesmittel geförderten Maßnahmen werden im Rahmen des NGP Baar umgesetzt. Die wieder geöffneten Flächen sollen langfristig durch Mahd oder Beweidung mit Moorschnucken offengehalten werden.