Auf Grundlage der europäischen Richtlinie 92/43/EWG von 1992 (Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie, kurz FFH-Richtlinie) wurde ein EU-weites Netz von Schutzgebieten eingerichtet.
Hinzu gehören auch die Gebiete, die gemäß der Richtlinie 79/409/EWG von 1979 (kurz Vogelschutzrichtlinie) ausgewiesen wurden.
Ziel des Schutzgebietsnetzes Natura 2000 ist die Erhaltung der biologischen Vielfalt innerhalb der Europäischen Union. Das langfristige Überleben der bedrohtesten und wertvollsten Lebensräume und Arten soll also sichergestellt werden.
Annähernd sämtliche Fördergebietsflächen sind Teil des Schutzgebietssystems Natura 2000. Großen Anteil hat vor allem das unter anderem zum Schutz der europaweit bedeutsamen Milan-Vorkommen ausgewiesene Vogelschutzgebiet "Baar". Es ist eines der größten Vogelschutzgebiete Baden-Württembergs (37.702 ha). Im Süden überdeckt das Vogelschutzgebiet "Wutach und Baaralb" (14.402 ha) große Teile der Fördergebietskulisse. In der Summe sind ca. 96 % der Fördergebietsfläche als Vogelschutzgebiet ausgewiesen. Bei den FFH-Gebieten ist die Abdeckung geringer. Hier bereits durch sechs FFH-Gebiete rund 61 % der Fördergebietsfläche unter Schutz.
In dem unten verlinkten PDF "Übersicht Natura 2000" sind die einzelnen Natura 2000-Gebiete, die vorkommenden Lebensraumtypen und die Arten der FFH- und Vogelschutzrichtlinie aufgelistet. Diese Daten wurden anhand der Datenbögen der einzelnen Gebiete zusammen gestellt (Stand: Februar 2012).
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