Die Tagfalterfauna ist auf der Baar besonders artenreich ausgeprägt, es konnten bisher Vorkommen von 65 Arten der bundesweiten Roten Liste und Vorwarnliste dokumentiert werden, darunter auch fünf vom Aussterben bedrohte Arten. Als eine Besonderheit auf der Baar kann das Vorkommen des Blauschillernden Feuerfalters (Lycaena helle) gelten. Weitere typische Arten der Moorgebiete sind die stark gefährdeten Arten Randring-Perlmutterfalter (Boloria eunomia) und Heidemoor-Rindeneule (Acronicta menyanthidis) sowie der gefährdete Lilagold-Feuerfalter (Lycaena hippothoe).

In den Wäldern der Baaralb finden sich unter den Schmetterlingen viele Vorkommen seltener und teilweise vom Aussterben bedrohter Lichtwaldarten, zum Beispiel Gelbringfalter (Lopinga achine), Heller Eichen-Blütenspanner (Eupithecia irriguata) und Veilchen-Perlmutterfalter (Boloria euphrosyne).

Die Nachtfalter-Vorkommen sind bisher nur unzureichend dokumentiert, insbesondere für das Gebiet des Unterhölzer Waldes ist aufgrund alter Funddaten von naturschutzfachlich bedeutenden Beständen auszugehen, die im Rahmen des Projekts erhoben werden sollen.